通过这种反映式的询问过程，贝克致力于与当事人建立起合作气氛，以测试其认知的有效性（这一过程贝克称之为"合作式的经验主义"）。疗效是当事人通过收集到矛盾的证据，进而面质自己的错误信念所产生的。

埃利斯则致力于说服当事人认定自己的某些信念是非理性的；他会指出这些信念就是发挥不出功用，并且大部分是通过一种理性的争论。REBT旨在有意促进当事人去发现自己的教条主义与绝对性的思考方式，进而有力、重复地加以减少。

贝克对理性行为治疗法的非理性信念的要领有不同的看法，他认为告诉当事人自己正在做“非理性的思考”可能会有害，因为许多人相信他们是“根据真相来了解事情”的（1976，p.246）。他认为功能不良的信念之所以有问题，是因为它们干扰了正常的认知过程，而不是因为它们是非理性的（Beck & Weishaar，1995）。他以较正面的角度来看待偏差的信念，相对于REBT认为偏差的信念在哲学上与现实不相容。（Weishaar，1993）。相反的，贝克强调，“不正确的结论”（inaccurate conclusions）比“非理性信念”贴切，因为某些观念并不是非理性，而是太绝对、太广义、太极端了。贝克认为，人们是遵循“规则”（即前提假设或公式）在生活著，他们之所以产生困扰是因为他们使用著一组不实际的规则在贴标签、解释与评估情境，或者是不适当或过度地使用这些规则。如果当事人使用著一组可能使生活不幸的规则，则治疗者会建议他们考虑改变规则，而不须去教导、训诲对方，因此认知治疗往往在开始时会先认清当事人的价值观，并在咨询中持续地要求对方对自己的信念提出证据。“你认为……的证据在那里？”是常向对方询问的问题。

认知治疗法的治疗关系与理性行为治疗法最主要的差异之一在于前者强调治疗关系。如上面所述，艾里斯视治疗者扮演教师的角色，不认为温暖的治疗关系是必要的，即使温暖的关系可能有其益处；相反的，贝克（1987）强调治疗关系的品质是认知治疗法的基础，成功的咨询要靠治疗者某些令人喜爱的人格特点，例如，真诚温暖、正确的同理心、不批判地接纳，以及与当事人建立信任与支持的关系，罗杰斯在个人中心治疗法中所提出的“治疗的核心条件”，在认知治疗法中也视为是必要的，但是若要产生******的治疗效果，单有这些还是够的。咨询员也必须对于认知有清楚的要领、积极、有创意、能够通过苏格拉底式的对话引导当事人，以及拥有足够的知识与技能，能使用各种认知技术与行为技术，引导当事人自我发掘，进而产生改变（Weishaar，1993）。咨询员担任催化剂与向导的角色，协助当事人了解其信念与力度会影响其感受与行为。咨询员促使当事人去体验矫正的经验，使对方在认知上产生改变，并能学会一些新技能（Beck et al，1979;1995Beck & Weishaar，1995）。

治疗技术作用在治疗者与当事人之间已建立起“治疗的合作关系”时最为有效。这点与下列的理论假设是一致的：人们的内心沟通可能浮现上来反省：当事人的信念对于个人有重要意义；以及这些意义可以由当事人去发掘，而不是由咨询员去教导对方或加以解释（Weishaar，1993）。认知治疗者会持续、主动，以及谨慎地与当事人接触，也努力使对方主动提出可以验证的假说。贝克认为，咨询过程中合作的伙伴关系，可以促使当事人自己去评估那些富有有个人意义性的负面假定，这相对于由咨询员直接建议当事人采纳哪些替代认知（Beck & Weishaar，1992）。这种作法的假设是，思考与行为要长期改变，需要配合当事人的了解、察觉及努力（Beck et al.，1979;1995Beck & Weishaar，1993）。这使认知治疗法跟REBT一样，成为一种整合性的心理治疗法。